Расположен на территории бывшего городского кладбища, которое занимало часть бывшей Ярмарочной площади, (ныне территория парка им. А.К. Толстого и стадион «Динамо»).
Построен в 1827 — 1831 гг., по заказу местного купца А.А. Бабаева, в память пребывания в Брянске Императоров Петра I (1708 г.) и Александра I (1823 г.).
На Ярмарочной площади Петр I в октябре 1708г. учинил смотр войск Брянского гарнизона, шедших на фронт. Тогда на этом месте построили Часовню.
В 1791 г. Священный Синод издал Указ, который запрещал погребать умерших прихожан у городских храмов. После выхода указа часть площади была отведена под кладбище, а на месте Часовни возвели деревянный кладбищенский храм.
После пребывания в Брянске Императора Александра I брянский купец Афанасий Бабаев, на свои средства начал сооружать каменный храм на месте прежнего деревянного.
После 1840 г., по проекту архитектора Богданова, западный притвор перестроен в двухэтажную трапезную, соединившую храм с прежде отдельно стоявшей колокольней (не сохранилась).
После закрытия храма в 1929 г. в нем располагался городской морг. В 1933 — 1934 гг. было снесено кладбище и на его месте началось строительство городского парка и стадиона. Здание храма использовалось под спортзал. В 1947 г. ряд оконных проемов был заложен, фасады приобрели искаженный вид; в 1955 г. архитектором А.Е. Певцовым на куполе вместо главы был поставлен бельведер, обрамленный пятиконечными звездами.
С начала 1990-х гг. верующие безуспешно добивались возвращения храма. В 2005 г храм был возвращен Брянской Епархии администрацией области. 21 сентября 2005 г. Епископ Брянский и Севский Феофилакт в день Престольного праздника Рождества Пресвятой Богородицы совершил в храме первую Божественную Литургию, положившую начало возрождения храма. В настоящее время завершаются ремонтно-возстановительные работы на средства, выделенные администрацией области.
Исполняющий обязанности настоятеля храма – протоиерей Павел Прадун.